Більш простим і універсальної для практичного застосування є скануючий і растровий електронний мікроскоп. РЕМ призначений для дослідження масивних об'єктів з дозволяючою здатністю, істотно більш низьким, ніж у ПЕМ, - від 50 до 200 А. У растровому електронному мікроскопі добре сфокусований електронний пучок розгортають за допомогою магнітної чи електростатичної системи, що відхиляє, по заданій площі на об'єкті дослідження. При взаємодії електронів пучка з об'єктом виникає кілька видів випромінювань – вторинні і відбиті електрони; електрони, що пройшли через об'єкт (якщо він тонкий); рентгенівське випромінювання. Кожне з цих випромінювань може реєструватися відповідним детектором, що перетворить випромінювання в електричні сигнали, що після посилення модулюють пучок електронно-променевої трубки (ЕПТ).

Розгорнення пучка ЕПТ проходить синхронно з розгорненням електронного зонда в РЕМ. Зображення об'єкта у відповідному випромінюванні спостерігається на екрані ЕПТ. Збільшення мікроскопа визначається відношенням розмірів областей сканування в РЕМ і ЕПТ.

Різноманіття областей застосування РЕМ зв'язане з різними механізмами взаємодії електронів із кристалічними твердими тілами.

Можливості РЕМ для вивчення рельєфу поверхні об'єкта ілюструє мал.5. Реєструєма детектором інтенсивність потоку розсіяних електронів залежить від того, у яке місце стосовно нерівностей поверхні зразка падає пучок у процесі сканування.

Крім розглянутого вище топографічного контрасту, у РЕМ часто спостерігають контраст сполуки. Цей контраст зв'язаний з тим, що коефіцієнт вторинної електронної емісії залежить від атомного номера елемента і, отже, від хімічного складу зразка в даній крапці.

Поряд з топографічним контрастом і контрастом сполуки в РЕМ використовують також і інші: кристалічний і магнітний. Методи створення дифракційних картин у РЕМ досить прості і дають велику інформацію про кристалічну будову і досконалість зразків. При дослідженні в растровому електроном мікроскопі магнітних зразків для доменів з різним намагнічуванням спостерігається контраст, обумовлений тим, що магнітні поля доменів у значній мірі впливають на траєкторії руху вторинних електронів.