Електронне зображення формується електричними і магнітними полями приблизно так само, як світлове – оптичними лінзами. Магнітне поле, створюване витками котушки, по якій проходить струм, діє як збиральна лінза, фокусну відстань якої можна змінювати, змінюючи струм. Оскільки оптична сила такої лінзи, тобто здатність фокусувати електрони, залежить від напруженості магнітного поля поблизу осі, для її збільшення бажано сконцентрувати магнітне поле в мінімально можливому обсязі. Практично це досягається тим, що котушку майже цілком закривають магнітною «бронею» зі спеціального нікель-кобальтового сплаву, залишаючи лише вузький зазор у її внутрішній частині. Створюване в такий спосіб магнітне поле може бути в 10–100 тис. раз більш сильним, чим магнітне поле Землі на земній поверхні.

Ряд конденсорних лінз фокусує електронний пучок на зразок. Звичайно перша з них створює не збільшене зображення джерела електронів, а остання контролює розмір освітлюваної ділянки на зразку. Діафрагмою останньої конденсорної лінзи визначається ширина пучка в площині об'єкта. Зразок міститься в магнітному полі об'єктивної лінзи з великою оптичною силою – найважливішої лінзи ЗПЕМ, що визначається граничний можливий дозвіл приладу. Аберації об'єктивної лінзи обмежуються її діафрагмою так само, як це відбувається в фотоапараті чи світловому мікроскопі. Об'єктивна лінза дає збільшене зображення об'єкта (звичайно зі збільшенням порядку 100); додаткове збільшення, внесене проміжними і проекційними лінзами, лежить у межах величин від трохи меншої 10 до трохи більшої 1000. Таким чином, збільшення, яке можна одержати в сучасних ЗПЕМ, складає від 1000 до ~1 000 000. (При збільшенні в мільйон разів грейпфрут виростає до розмірів Землі.) Досліджуваний об'єкт звичайно поміщають на дуже дрібну сітку, вкладену в спеціального тримача. Тримач можна механічним чи електричним способом плавно переміщати вниз і вправо - уліво.