ЗПЕМ багато в чому подібний світловому мікроскопу, але тільки для висвітлення зразків у ньому використовується не світло, а пучок електронів. У ньому є електронний прожектор, ряд конденсорних лінз, об'єктивна лінза і проекційна система, що відповідає окуляру, але проектує дійсне зображення на люмінесцентний екран чи фотографічну пластинку. Джерелом електронів звичайно служить катод, що нагрівається, з чи вольфраму гексаборида лантану. Катод електрично ізольований від іншої частини приладу, і електрони прискорюються сильним електричним полем. Для створення такого поля катод підтримують під потенціалом порядку -100 000 В щодо інших електродів, що фокусують електрони у вузький пучок. Ця частина приладу називається електронним прожектором. Оскільки електрони сильно розсіюються речовиною, у колоні мікроскопа, де рухаються електрони, повинний бути вакуум. Тут підтримується тиск, що не перевищує однієї мільярдної атмосферного.