Мы видим фазовый контраст всякий раз, когда в изображение дает вклад не один, а больше пучков. Фазовый контраст появляется как результат присутствия разницы в фазе выходящих электронных волн. Так как эта разница очень чувствительна к небольшим изменениям во многих факторах (толщина, структура, состав образца, фокус, астигматизм) в оптической системе микроскопа, то это создает определенные трудности в интерпретации и может приводить к ошибочным выводам.